Webサイトなどを構築し、実際にネットで運用する場合には、ローカル環境で構築したファイルをWebサーバ上に公開しなければいけません。その為に必要な作業がWebサイトの公開に必要なファイルをサーバにアップロードするという事です。HTMLやPHPファイルなどをサーバにアップロードし、権限を変更する事によって、不特定の人々がWebサイトの閲覧やWebサービスを使えるようになります。サーバにファイルをアップロードするソフトウェアの事をFTPと呼び、このソフトウェアを使う事によって、自由にWebサイトの公開を行えます。
シェルコマンドが使えるシェルサーバへファイルをアップロードしたりするソフトウェアは、SFTPと呼ばれており、SSHを使ってサーバに安全にアクセスする事が可能であり、シェルコマンドをサーバ上で使えますので、高度な処理も可能です。アップロードを行う際には、CGIやPHPプログラムの権限に関して注意を払わなければいけません。権限の設定を間違いますと、サイトの書き換えが可能になったり、見せたくない部分を公開してしまい、セキュリティ的に問題が出てくるからです。その為、適切なパーミッションの設定を行う必要があります。
アップロードなどの速度は、インターネット回線の速度に依存しますので、大量にアップロードする必要がある場合には、光回線と有線LANを使った方が効率的にアップロード出来るでしょう。