コーディングが終わり、各種テストが無事にすむといよいよ運用となります。運用にあたっては利用者側で操作にふなれなこともあるため、数週間から数ヶ月程度開発者が常駐してサポートすることが多いようです。運用が始まるとサーバやクライアントのハードウエア保守に加えてソフトウエアについても必要に応じて保守が行なわれます。システム保守とも呼ばれ、長期運用には欠かせない内容となります。
システム保守には定期保守、予防保守、事後保守などがあります。定期保守については主にハードウエアの保守が行なわれ、必要に応じてハードウエアの部品交換なども行なわれます。また、故障していない部品についても期間を設け、活動時間に合わせて故障していなくても交換する予防保守もよく行なわれています。システム保守のおいて予防保守はコスト面で不利ですが、ミッションクリティカルなシステムでは必須とも考えられています。
システムは期間に関係なく不慮、もしくはバグによって障害が発生します。その際、迅速にミッションを再開できるようにするのが保守の役割です。ハードウエアの故障の場合は部品交換を急ぎ、また、停止した場合にはバックアップから戻したり、データの再投入を依頼するなどの処理が必要です。このような保守は事後保守と呼ばれ迅速な対応が求められます。
特に運用直後のソフトウエアが原因の障害の場合は、プログラマへの連絡も行いソフトウエアの更新も必要になるので安定稼働までは人員を確保し続けるというプロジェクトも多くなっています